El establecimiento Los cerros de San Juan tiene un valor histórico muy importante, declarado monumento histórico y patrimonio de la nación en el año 2004 por el Gobierno Uruguayo. El patrimonio edilicio del establecimiento, en su mayoría originario de la segunda mitad del siglo XIX, muestra construcciones realizadas en piedra, con anchos muros de estilo colonial típico de la región.
Toda la infraestructura de la bodega y los servicios complementarios para la producción, constituyen un particular complejo arquitectónico agropecuario. Su bodega primitiva para la elaboración y maduración del vino, hoy conocida como Bodega de Piedra, su antiguo almacén de ramos generales, la carpintería, la herrería, son sin duda monumentos de una época pasada.
Tras 160 años de vida productiva gracias al desarrollo de la cultura del trabajo, el establecimiento ha acumulado un destacado acervo monumental. Esto lo ha convertido en un punto de referencia en la teoría y la práctica de la conservación del patrimonio rural del Uruguay. Este patrimonio, construido a través del tiempo y heredado de los antepasados, ha sido asumido con orgullo por la Bodega Los Cerros De San Juan, con el compromiso de conservarlo y transmitirlo a las generaciones futuras.